Trong quá trình phát triển, Viện Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm thường xuyên làm việc và hợp tác với các đối tác bên ngoài nhằm tăng cường năng lực đào tạo, nghiên cứu và chuyển giao khoa học công nghệ. Hợp tác với các trường Đại học, trung tâm nghiên cứu và các công ty trong và ngoài nước được Ban lãnh đạo Viện xác định là một trong những nhiệm vụ chủ chốt nhằm hướng đến sự phát triển bền vững của đơn vị.
Một số đơn vị tiêu biểu có hợp tác với Viện Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm gồm:
- Viện Lâm nghiệp và Phát triển bền vững – Đại học Nông Lâm Thái Nguyên
- Viện Công nghệ Sinh học – Viện Hàn lâm Khoa học Việt Nam
- Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên – Viện Hàn lâm Khoa học Việt Nam
- Viện Nghiên Cứu Rau Quả
- Học viện Nông Nghiệp Việt Nam
- Đại học Bách Khoa Hà Nội
- Đại học Quốc gia Hà Nội
- Công ty Cổ phần Công nghệ Plasma Việt Nam
- Công ty Welstory VN
- Công ty Cổ phần Công nghệ bia rượu nước giải khát Việt NamVinabeco
- Công ty Cổ phần Quốc tế Homefarm
- Công ty TNHH Florist VN
- Công ty TNHH MTV Cửu Long Lạng Sơn
- Công ty Cổ phần công nghệ thực phẩm Ba Đình (BFC)
- HTX Chè Khe Cốc
- HTX Chè Nhật Thức
- Tâm Trà Thái
- Từ Văn Tea
